Questa reazione si presenta nel caso in cui un gran numero di bacilli muore e si decompone. Le proteine dei bacilli morti provocano una reazione allergica che attraverso il sangue raggiunge l'intero corpo causando sintomi generalizzati.
Solo i pazienti MB sono colpiti dalla reazione del II Tipo, sono meno comuni di quelle del I Tipo anche se l'incidenza varia da paese a paese - circa il 5% dei malati in alcuni paesi dell'Africa fino ad arrivare al 50% in alcuni paesi del Sud America.
Le reazioni del II Tipo colpiscono generalmente entro tre anni dall'inizio del trattamento , ma possono anche presentarsi dopo molti anni dal completamento del trattamento di MDT.